Вовлечение почв в активный сельскохозяйственный оборот обусловливает резкое усиление микробиологических процессов. Наиболее интенсивно развиваются микроорганизмы, участвующие в минерализации органического вещества и в превращении соединений азота в почве. При этом доля микроскопических грибов уменьшается.

Понятие «почвенные микробоценозы» постоянно корректируется представлениями о комплексах почвенных микроорганизмов. Новая концепция отрицает строгую и жесткую организованность почвенных микроорганизмов в единой системе.

В последние годы активно пересматриваются прежние представления об узкой специфичности функций определенных микроорганизмов. Для удобства изучения микроорганизмы были разделены на физиологические группы: азотфиксаторы, аммонификаторы, денитрификаторы, протеолитические и т.д. Часто микроорганизм называют по какому-либо определенному процессу, хотя он мог быть для его жизнедеятельности одним из многих возможных процессов. Исторически, по мере открытия микроорганизмов и функций, это было закономерно, но в дальнейшем происходила абсолютизация представлений и складывалось мнение, чтоAzotobacter - основной азотфиксатор в почвах,Metallogenicum - основной рудообра- зователь и т.д. Однако при новых микроорганизмах стало ясно, что каждая из перечисленных функций широко распространена среди почвенных микроорганизмов. Установлено, что нет отдельных физиологических групп бактерий - азот- фиксаторов и денитрификаторов. Один и тот же микроорганизm проводит тот или иной процесс в зависимости от конкретных условий окружающей среды. При наличии органического вещества и недостатке связанного азота в среде происходит азотфиксация. Если же имеется органическое вещество при избытке нитратов и недостатке кислорода - идет денитрификация. Отметим, что чрезвычайно важно было бы выяснить, насколько различаются окислительно- восстановительные условия (концентрация кислорода) для протекания этих двух процессов. Если микроорганизм - азотфиксатор-денитрификатор в процессе своего роста использует белки или аминокислоты, то становится аммонифи- катором. Обычно он может проводить и гетеротрофную нитрификацию.

Бактерии - одна из наиболее богато представленных групп микробиоты. Они относятся к прокариотам, т.е. к «доядерным» организмам, размножаются простым делением. По признаку строения наружных покровов клетки различают грамотрицательные эубактерии, грамположительные эубактерии, микоплазмы (не имеющие клеточных стенок) и архибактерии (или археи).