В оптимизации фитосанитарного состояния агроэкосистем важную роль играет их конструирование, позволяющее обеспечить целенаправленное регулирование динамики популяций полезной орнито- и энтомофауны, а также почвенной зоофауны.
При создании полифункциональных лесополос необходимо учитывать адаптивные особенности, фенологию и первичную продуктивность каждого из древесных, кустарниковых и травянистых видов растений.
Еще в 1930-х гг. XX в. внимание исследователей привлекли возможности практического использования биологических методов защиты растений. Гессенская мушка, озимая совка и луговой мотылек подвергаются нападению со стороны соответственно 10, 30 и 41 видов насекомых, которые могут поражать растительноядный вид на всех стадиях его развития. Причем популяции хищных насекомых-полифагов при резком количественном уменьшении и даже полном уничтожении одного или нескольких видов-хозяев сосредоточиваются на других вредных видах. Так, в числе хозяев тахины насчитывается несколько десятков видов чешуекрылых.
Считается, что чем выше урожайность, тем ниже экономически оправданный порог вредоносности и, следовательно, увеличивается потребность применения средств защиты растений. Так, при урожайности пшеницы 55 ц/га химическая обработка экономически выгодна в том случае, если плотность популяции тли составляет 17 насекомых на соломину, а при 75 ц/га - уже при 4 вредителях на соломину. Причем с ростом урожайности зерновых культур увеличивается вероятность их поражения вредителями и болезнями, т.е. создается ситуация порочного круга («пестицидного синдрома»), при которой односторонняя ориентация на химические средства защиты растений требует все большего их применения. Более того, расчеты порога экономически допустимого вреда с позиций только окупаемости затрат предполагают, что с ростом урожайности становится «выгодным» применять химические средства защиты даже при незначительной плотности вредителей и возбудителей болезней. Поэтому в расчетах порога допустимого вреда наряду с экономическими показателями должна учитываться и экологическая ситуация, т.е. гарантированная защита окружающей среды от загрязнения.
В настоящее время все более утверждается мнение, что борьба с сорняками должна быть интегрированной, причем ориентирующейся на сохранение численности сорняков в пределах экономически допустимого порога их вредоносности.
Конструирование агроэкосистемы по принципу севооборота, т.е. последовательного возделывания разных культур во времени и пространстве, оказывает решающее влияние не только на плодородие почвы, но и на выживание фитопатогенов, нематод, насекомых, сорняков.